De joven estudió lenguas clásicas, matemáticas, física y química en el Real Seminario Patriótico de Vergara (Guipúzcoa), pero pronto descubrió que su auténtica vocación era la medicina, quizá bajo la influencia de su padre, el también médico José Santiago Ruiz de Luzuriaga, que había destacado en la divulgación de la variolización en el País Vasco.
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